La banda surgió cuando el guitarrista Billy Howerdel tenía la posición de técnico de guitarras en la banda Tool, durante la grabación del álbum Ænima. Howerdel le entregó unos demos al vocalista de Tool, Maynard James Keenan, quien se propuso a sí mismo como vocalista con arreglos de voz.

Se dice que el proyecto original de Billy Howerdel suponía temas muy largos, lo suficiente como para ser la banda sonora completa de una película, además de tener una voz femenina.

Posteriormente se les unieron Paz Lenchantin, Josh Freese y Troy Van Leeuwen y grabaron su primer álbum Une Cascade De Prénoms Pour Une Mer De Noms (cuya traducción del francés es "una cascada de nombres para un mar de apellidos"), simplificado en el conocido "Mer De Noms", donde la mayoría de los tracks poseen nombres personales, como "Magdalena", "Judith", "Rose", "Thomas", "Orestes", etc.

Durante un tiempo de descanso, se separaron Paz Lenchantin (yéndose a Zwan) y Troy Van Leeuwen (a Queens of the...